เล็นยาสร้างขึ้นเป็นครั้งแรกโดยไมเคิล เวคเนอร์ (Michael Wechner) เมื่อต้นปี ค.ศ. 1999 เพื่อจัดการเนื้อหาเกี่ยวกับบันทึกประจำวันของการก่อตัวของแบบแผน (pattern formation) ซึ่งก่อนหน้านี้ไมเคิลได้เคยทำวิจัยทางฟิสิกส์โดยการเขียนโปรแกรมจำลองคอมพิวเตอร์ (computer simulation) เกี่ยวกับการเจริญเติบโตแบบแตกกิ่งก้านสาขา

ต่อมาในปี ค.ศ. 2000 ไมเคิลได้เข้าร่วมกับบริษัทไวโอนา (Wyona) และได้นำเล็นยามาพัฒนาต่อโดยใช้จัดการเนื้อหาในหนังสือพิมพ์ Neue Zürcher Zeitung ชื่อของเล็นยามาจากชื่อของลูกชายทั้งสองคนคือเลวี (Levi) และแวนยา (Vanya) และในช่วงฤดูใบไม้ผลิ ค.ศ. 2003 ทางไวโอนาได้บริจาคเล็นยาให้กับมูลนิธิซอฟต์แวร์อะแพชี ซึ่งทำให้เล็นยาเป็นที่รู้จักอย่างแพร่หลายและได้เป็นโครงการระดับบนสุดในเดือนกันยายน ค.ศ. 2004